Μία από τις καινοτομίες των Σχολείων Δεύτερης Ευκαιρίας είναι η Συμβουλευτική Υπηρεσία, η οποία αποτελείται από τον Σύμβουλο Σταδιοδρομίας και τον Σύμβουλο Ψυχολόγο.
Η Σύμβουλος Ψυχολόγος αναλαμβάνει το έργο της συμβουλευτικής υποστήριξης των εκπαιδευομένων σε θέματα που αφορούν στην προσωπική και κοινωνική τους ανάπτυξη. Παρέχει ατομική και ομαδική Συμβουλευτική στους εκπαιδευόμενους με στόχο την υποστήριξή τους στην προσπάθεια να ανταποκριθούν στην εκπαιδευτική διαδικασία και σε θέματα που αφορούν στην προσωπική και κοινωνική τους ανάπτυξη. Παρεμβαίνει υποστηρικτικά σε πρόσωπα ή ομάδες που δυσκολεύονται να λειτουργήσουν στο συγκεκριμένο εκπαιδευτικό πλαίσιο. Συνεργάζεται, ενημερώνει και στηρίζει τους εκπαιδευτικούς για την αντιμετώπιση προβλημάτων που ανακύπτουν. Αναζητά πηγές πληροφόρησης, συλλέγει, οργανώνει και παρέχει πληροφοριακό υλικό ικανό να καλύψει τις ανάγκες – αιτήματα των εκπαιδευομένων σχετικά με την ψυχολογική και προσωπική τους διευκόλυνση ή ανάπτυξη.
Κατά τη συμβουλευτική διαδικασία δίνεται η ευκαιρία στον εκπαιδευόμενο να μιλήσει για θέματα που τον απασχολούν, για κάποιες δύσκολες καταστάσεις που αντιμετωπίζει εντός ή εκτός του σχολικού πλαισίου.
Η συμβουλευτική διαδικασία παρέχει στο άτομο τον χώρο, τον χρόνο και την ελευθερία να εκφράσει και να διερευνήσει σκέψεις, συναισθήματα, και συμπεριφορές μέσα σε ένα πλαίσιο εχεμύθειας και σεβασμού. Η σύμβουλος μπορεί να προσφέρει στον εκπαιδευόμενο στήριξη και παράλληλα, μέσω της συζήτησης που γίνεται να καταλήξει (ο εκπαιδευόμενος) σε κάποιες αποφάσεις/συμπεράσματα που ο ίδιος κρίνει ότι θα τον βοηθήσουν.
Οι συναντήσεις με την σύμβουλο δεν είναι υποχρεωτικές. Στη Σύμβουλο απευθύνονται όσοι εκπαιδευόμενοι το επιθυμούν.